En l'absence d'observations archéologiques, la localisation des ponts et des ports mentionnés dans les sources écrites est sujette à caution. On sait que les ponts étaient fréquemment détruits par les crues ou la débâcle des glaces, et il est arrivé souvent que leur reconstruction ait lieu sur un nouvel emplacement. D'autre part, les recherches conduites depuis une quinzaine d'années dans plusieurs secteurs de vallée ont montré que le lit mineur de la Loire et de certains de ses affluents ont connu des transformations importantes au cours des temps historiques, et celles-ci ont nécessairement affecté les franchissements et les aménagements de berge.
Dans quelques cas (en grisé sur la carte), même le cours d'eau sur lequel est situé le pont ne peut être identifié avec certitude.
Les péages (impôts prélevés sur le passage par voie fluviale ou terrestre) et les tonlieux (impôts prélevés sur les marchandises) sont mentionnés dans les actes essentiellement à l'occasion des conflits qu'ils suscitent, ou des exemptions dont ils font l'objet. Il est rare que les sources permettent de dater l'instauration ou la disparition d'un péage ou d'un tonlieu, et les lieux de perception représentés sur la carte n'ont sans doute pas fonctionné simultanément. Leur concentration le long du cours de la Loire, de la Vienne et du Cher souligne l'intensité du trafic fluvial sur ces voies d'eau.
Inversement, l'absence de toute mention de tonlieu ou péage sur l'Indre, que ce soit dans les diplômes d'exemption des souverains carolingiens, dans les chartes des 11e-12e s. ou dans les documents relatifs à la «communauté des marchands fréquentant la rivière de Loire et fleuves descendant en icelle », révèle probablement un usage très limité de ce grand affluent de rive gauche pour la navigation. Cela semble être le cas également des petits affluents de la rive droite.
